Zwischenfrüchte können durch verschiedene Krankheiten und Schädlinge beeinträchtigt werden. Ein Beispiel ist die Kohlhernie, die durch den häufigen Anbau von Kreuzblütlern begünstigt wird.
Die Kohlhernie kann zu Ertragsminderungen führen, weshalb ein gezielter Fruchtfolgewechsel empfohlen wird. Hierbei sollte vermehrt auf Gräser, Leguminosen und Phacelia nach frühräumender Hauptfrucht gesetzt werden, um der Ausbreitung der Krankheit entgegenzuwirken. In Körnerrapsfruchtfolgen sollte hingegen der Anbau von Kruziferen vermieden werden. Ein weiterer wichtiger Aspekt im Zusammenhang mit Zwischenfrüchten ist der Schutz vor Schädlingen wie dem Schaben und der Erdflöhe. Diese Schädlinge können insbesondere in den frühen Wachstumsphasen der Zwischenfrüchte erhebliche Schäden verursachen. Um dem entgegenzuwirken, können resistente Sorten gewählt oder natürliche Feinde der Schädlinge gefördert werden.
Zusätzlich sollte die Bodenbearbeitung sorgfältig geplant werden. Eine mulchschnitthaltige Bearbeitung kann dazu beitragen, die Population von Schädlingen zu reduzieren und gleichzeitig die Bodenstruktur zu verbessern. Eine gezielte Düngung, die auf die Bedürfnisse der Zwischenfrüchte abgestimmt ist, kann ebenfalls die Vitalität der Pflanzen steigern und sie widerstandsfähiger gegen Krankheiten und Schädlinge machen.
Auch bei Kartoffelfruchtfolgen ist Vorsicht geboten, da der Anbau von Senf und Phacelia den Befall des Rattlevirus fördert. Daher wird der Anbau von Ölrettich in diesen Fällen bevorzugt.
Bei Schädlingsbefall der Zwischenfrüchte sollte der Rat des zuständigen Pflanzenschutzamtes eingeholt werden. Insbesondere Grasaussaaten im Juli und August, wie beispielsweise Einjähriges Weidelgras, können durch den Befall der Fritfliege gefährdet sein.
Die Larven der Fritfliege verbeißen den Stängeltrieb und können dadurch erheblichen Schaden anrichten. Eine Insektizidbehandlung wird in solchen Fällen empfohlen, um die Schädlinge zu bekämpfen und den Ertrag der Zwischenfrüchte zu schützen.
