Bodenverbesserung
Durch den Anbau und anschließendes Einarbeiten von Zwischenfrüchten können verschiedene Effekte erzielt werden, wie zum Beispiel die Bindung von Stickstoff aus der Luft in den Zellen der Zwischenfrüchte. Diese werden dann in den Boden eingearbeitet, so dass der in ihnen gebundene Stickstoff für die nächste Frucht in der Fruchtfolge zur Verfügung steht. Da Stickstoff ein wichtiger Pflanzennährstoff ist, kann der Zwischenfruchtanbau den Ertrag steigern.
Darüber hinaus wirken Zwischenfrüchte anregend und fördern das Wachstum von Bodenorganismen. Verdichtete oder durch Auswaschung geschädigte Böden lassen sich mit Zwischenfrüchten regenerieren.
Es gibt auch Feldfrüchte, die nicht unmittelbar nacheinander angebaut werden sollten. Hier dient die Zwischenfrucht als trennende Kultur in der Fruchtfolge. Weiterhin kann man Böden nach Infektionskrankheiten wie Pilz-, Viren oder Bakterienbefall durch den Anbau von Zwischenfrüchten etwas Ruhe gönnen.
Gesetzliche Regelungen wie die Düngeverordnung sollen die Verwendung von Gülle und anderen tierischen Wirtschaftsdüngern einschränken, um Überdüngung zu vermeiden. Der Anbau von Zwischenfrüchten ist hier interessant, da sie Nährstoffe aufnehmen und im folgenden Frühjahr wieder abgeben, wenn die Hauptfrucht sie braucht.
In der DDR wurde die Stickstoffbelastung verringert, indem Gülle auf kleinere Felder geflutet und getrocknet wurde. Diese wurden dann mit stark stickstoffverbrauchenden Zwischenfrüchten wieder für andere Fruchtarten bepflanzbar gemacht. Es gibt allerdings nur wenige Zwischenfrüchte, die mit sehr hohen Konzentrationen klarkommen, darunter verschiedene Gemengesaaten und einige Grasarten, die abgebrannt werden können. Im mittleren Belastungsbereich kann Futtermais den Boden ausreichend auslaugen.
Biomasse
Im Herbst werden frostsichere Zwischenfrüchte zur späteren Ernte als Futter für Biogasanlagen oder Nutztiere angebaut. Nach der Ernte und der Einarbeitung der Rückstände kann noch der Anbau einer Sommerfrucht erfolgen, was zwei Ernten im Jahr ermöglicht.